付録F: 参考資料
更新日・選定基準
- 最終更新日: 2026-01-24
- 選定基準:
- 本文で参照する概念・手法に直接関係する
- 初学者が一次情報に到達できる
- 実務での利用頻度が高い
2024–2025の主要トピック（追加分）
- AlphaFold 3 / AlphaFold Server
- AlphaFold DB 2025
- scGPT
- Nicheformer
- Nucleotide Transformer
- AlphaMissense
- T2T-CHM13（完全ヒトゲノム）
- ヒト・パンゲノム参照
- DeepVariant
必読書籍
基礎理論
- “Bioinformatics Algorithms” - Compeau & Pevzner
- アルゴリズム理論と実装の標準的テキスト
- “Introduction to Computational Biology” - Waterman
- 数学的基礎から応用まで網羅
- “Pattern Recognition and Machine Learning” - Bishop
- 機械学習の理論的基盤
実装・応用
- “Programming for Bioinformatics” - Allison
- 実装技術の詳細ガイド
- “Computational Molecular Biology” - Pevzner
- アルゴリズム設計の実践的手法
- “Systems Biology” - Klipp et al.
- システム生物学の数理モデル
主要学術ジャーナル
計算生物学専門誌
- Bioinformatics (Oxford Academic): IF 5.8
- PLoS Computational Biology: オープンアクセス
- BMC Bioinformatics: 手法論重視
- Journal of Computational Biology: 理論・応用バランス
応用・学際誌
- Nature Methods: 手法開発のトップジャーナル
- Genome Research: ゲノム解析技術
- Cell Systems: システム生物学
- Science Translational Medicine: 臨床応用
主要データベース・リソース
配列データベース
- NCBI GenBank: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
- 最大級の公共配列データベース
- UniProt: https://www.uniprot.org/
- タンパク質配列・機能情報
- PDB: https://www.rcsb.org/
- 3次元構造データベース
ゲノムブラウザ
- UCSC Genome Browser: https://genome.ucsc.edu/
- Ensembl: https://www.ensembl.org/
- NCBI Genome Data Viewer: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/
パスウェイ・ネットワーク
- KEGG: https://www.genome.jp/kegg/
- Reactome: https://reactome.org/
- STRING: https://string-db.org/
ソフトウェアツール・ライブラリ
配列解析
- BLAST: 配列類似性検索の標準ツール
- BWA: 高速リードマッピング
- GATK: 変異検出パイプライン
- SAMtools: 配列データ操作
統計解析・機械学習
- R/Bioconductor: 生物統計の標準環境
- Python/BioPython: 汎用プログラミング
- PyTorch/TensorFlow: 深層学習フレームワーク
- scikit-learn: 機械学習ライブラリ
可視化
- Cytoscape: ネットワーク可視化
- IGV: ゲノムブラウザ
- matplotlib/seaborn: Python可視化
- ggplot2: R可視化
オンライン学習リソース
MOOCs・講義動画
- Coursera “Bioinformatics Specialization” (UC San Diego)
- edX “Introduction to Computational Biology” (Harvard)
- 東京大学医科学研究所公開講座
プログラミング演習
- Rosalind: https://rosalind.info/ — バイオインフォマティクス問題集
- Kaggle: 機械学習コンペティション
- Google Colab: 無料GPU環境
技術ドキュメント
- BioPython Tutorial and Cookbook
- R for Data Science (生物学応用版)
- TensorFlow Tutorials for Biology
技術標準・プロトコル
データ形式標準
- FASTA: 配列データの標準形式
- SAM/BAM: アライメント結果形式
- VCF: 変異情報形式
- GFF/GTF: ゲノム注釈形式
API・Webサービス
- NCBI E-utilities: プログラマティックアクセス
- Ensembl REST API: ゲノム情報取得
- UniProt REST API: タンパク質情報
関連学会・コミュニティ
国際学会
- ISMB (Intelligent Systems for Molecular Biology)
- RECOMB (Research in Computational Molecular Biology)
- PSB (Pacific Symposium on Biocomputing)
国内学会
- 日本バイオインフォマティクス学会
- 情報処理学会バイオ情報学研究会
- 日本分子生物学会
継続学習のための指針
技術トレンド追跡
- arXiv.org cs.CE (Computational Engineering)
- bioRxiv: 生物学プレプリントサーバ
- GitHub: オープンソースプロジェクト
実践プロジェクト
- 公共データを用いた再現解析
- 新規アルゴリズムの実装・評価
- 既存手法の改良・最適化
- 学際的共同研究への参画
スキル開発ロードマップ
初級 (0〜6ヶ月):
- プログラミング基礎 (Python/R)
- 生物学基礎知識
- 基本的な統計解析
中級 (6ヶ月〜2年):
- アルゴリズム実装
- 機械学習手法
- データベース設計
上級 (2年以上):
- 新規手法開発
- 大規模システム設計
- 学際的研究リーダーシップ